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| 類型 | 年度 | 獎項名稱 | 得獎人 | 頒獎單位 |
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| 校外榮譽 | 2013 | 行政院科技部大專校院獎勵特殊優秀人才(2013-2017) | 黃啟彰《關於我》 | 行政院科技部 |
| 校內榮譽 | 2013 | 國立體育大學產學合作獎(2013-2016) | 黃啟彰《關於我》 | 國立體育大學 |
| 校外榮譽 | 2012 | 國際減重手術卓越中心認證ICE | 王 偉《關於我》 | 國際減重手術卓越中心 |
| 校內榮譽 | 2012 | 優秀博士後研究論文獎 (2012-2014) | 呂婉榕《關於我》 | 臺北醫學大學 |
| 校外榮譽 | 2012 | 第九屆國家新創獎 | 邱慶豐《關於我》 | 社團法人國家生技醫療產業策進會 |
| 校內榮譽 | 2012 | 臺北醫學大學101學年度—系所級教學優良教師 | 劉燦宏《關於我》 | 臺北醫學大學 |
| 校內榮譽 | 2012 | 臺北醫學大學101學年度—師鐸獎 | 劉燦宏《關於我》 | 臺北醫學大學 |
| 校外榮譽 | 2011 | Travel award from the 70th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association (JCA), Nagoya, Japan | 張心儀《關於我》 | |
| 校內榮譽 | 2011 | 國立體育大學學術研究獎(2011-2016) | 黃啟彰《關於我》 | 國立體育大學 |
| 校內榮譽 | 2011 | 臺北醫學大學100年度學術研究獎—優良計畫研究獎 (2011-2012) | 劉燦宏《關於我》 | 臺北醫學大學 |
| 校內榮譽 | 2011 | 臺北醫學大學100年度學術研究獎—傑出計畫研究獎 | 劉燦宏《關於我》 | 臺北醫學大學 |
| 校內榮譽 | 2010 | 臺北醫學大學學術研究獎 (2010-2015) | 許準榕《關於我》 | 臺北醫學大學 |
| 校內榮譽 | 2010 | Excellent Paper, Taiwan Association for Lactic Acid Bacteria | 楊素卿《關於我》 | 臺北醫學大學 |
| 校外榮譽 | 2010 | 傑出系友獎 | 邱慶豐《關於我》 | 嘉南藥理科技大學生物科技系 |
| 校內榮譽 | 2010 | 最具影響力論文獎 (2010~2016) | 黃士懿《關於我》 | 臺北醫學大學 |
| 校外榮譽 | 2010 | 傑出學術研究暨技術開發獎 | 黃士懿《關於我》 | 台灣保健食品學會 |
| 校外榮譽 | 2010 | GlaxoSmithKline Ltd travelling grant award, Germany | 張榮素《關於我》 | GlaxoSmithKline Ltd, Germany |
| 校內榮譽 | 2010 | Excellent Paper, The symposium of Teachers and Students | 楊素卿《關於我》 | 臺北醫學大學 |
| 校外榮譽 | 2010 | Poster award from Autumn Camp Symposium of The Taiwan Society for Biochemistry and Molecular Biology (TSBMB), Nantou, Taiwan | 張心儀《關於我》 | |
| 校外榮譽 | 2009 | Second place in the oral presentation at the TPS International Proteomics Conference and the 5th AOHUPO Membrane Proteomics Initiative (MPI) Workshop, Taipei, Taiwan | 張心儀《關於我》 |
